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Comment classe-t-on aujourd'hui ? (n°4)

25 décembre 2013 

Depuis trois semaines maintenant, nous abusons de votre gentillesse. Nous vous avons posé plein de questions sur plein d'animaux. Nous vous avons fait transformer vos réponses en lettres, puis en chiffres. Donné un extra-groupe. Coloré des grenouilles en jaune...

Mais aujourd'hui, vous allez enfin pouvoir voir le fruit de ce petit travail.

Des matrices plein des arbres

Depuis trois semaines maintenant, nous abusons de votre gentillesse. Nous vous avons posé plein de questions sur plein d'animaux. Nous vous avons fait transformer vos réponses en lettres, puis en chiffres. Donné un extra-groupe. Coloré des grenouilles en jaune...

Mais aujourd'hui, vous allez enfin pouvoir voir le fruit de ce petit travail. Comme le font chaque jour des centaines de chercheurs dans leurs laboratoires, vous allez transformer ces questions en arbre classificatoire (ou "arbre du vivant", ou "cladogramme").

Une fois n'est pas coûtume, nous allons commencer par vous donner la solution à la question de la semaine dernière !

5371327Les réponses de la semaine dernièreÇa y est : vous avez transformé une série de questions en ensembles de "0" et de "1". Le plus difficile est fait !Les réponses de la semaine...Ça y est : vous avez transformé une série de questions en ensembles de "0" et de "1". Le plus...Agrandir l'imagehttp://www.museum-lehavre.fr/sites/default/files/multimedia/solutions_3.jpg

La semaine dernière, un copain biologiste vous avait conseillé de mettre la grenouille en extra-groupe. Aujourd'hui, il explique pourquoi : chez les verbébrés, les embryons (bébés en formation) ont besoin de baigner dans un liquide pour se développer et grandir. Ainsi, grenouilles, carpes ou requins doivent pondre leurs oeufs dans l'eau. Mais certains vertébrés ont un embryon très particulier : il est entouré d'une paroi imperméable, appelée amnios, qui retient l'eau. Aussi, l'oeuf de ces animaux peut grandir hors de l'eau. C'est par exemple le cas des oeufs de poules - elles ne pondent pas dans l'eau ! - mais aussi de ceux des crocodiles, des ornithorynques, des lézards... et des animaux qui portent leur bébé dans leur ventre, comme les kangourous ou les chats.

Ce copain biologiste nous propose de rajouter une nouvelle colonne à notre tableau, qu'il remplit lui-même. Seule la grenouille n'a pas d'amnios (0); tous les autres animaux de notre tableau en ont un (1).

Enfin, il suggère d'ajouter la carpe afin de voir où elle se situe.

5371443Une nouvelle colonne... En bleu clair, les "amnios" des animaux.Une nouvelle colonne... En bleu clair, les "amnios" des animaux.Agrandir l'imagehttp://www.museum-lehavre.fr/sites/default/files/multimedia/solutions_3b.jpg

Pour convertir ce simple tableau en arbre, vous avez deux possibilités :

- Avoir un copain mathématicien, qui vous le fera à la main. Temps estimé : quelques jours (sans compter le temps de trouver un copain mathématicien)

- Le faire vous-même en lisant la suite et grâce aux outils que proposent les centres de recherche. Temps estimé : 30 minutes la première fois, moins de cinq avec un peu d'habitude !

 

Comment transformer des tableaux en arbres ?

Nous avons recopié ci-dessous l'ensemble de "0" et de "1" que vous aviez trouvé.

Vous pouvez facilement le faire vous-même, dans votre éditeur de texte favori ! Attention toutefois : les noms des espèces ne doivent pas excéder 10 caractères, lettres ou chiffres. Si les noms que vous utilisez sont plus courts, complétez-les avec des espaces. Enfin, en première ligne, mettez simplement le nombre d'espèces étudiées, un espace, puis le nombre de questions posées...

 

17 14
Grenouille00000000000000
Carpe     00000000000010
Chat      11110100000001
Kangourou 11101100000001
Ornithoryn11100000000001
Hamster   11110100000001
Lion      11110100000001
Crocodile 00000011100001
Otarie    11110100000001
Koala     11101100000001
Boa       00000010010011
Lezard    00000010010001
Tortue    00000010000101
Poule     00000011101001
Perroquet 00000011101001
Manchot   00000011101001
Cameleon  00000010010001

 

 

Maintenant, sélectionnez les 17 lignes précédentes (de "16" à "Caméléon  00000010010001"), et copiez-les (clic droit / copier). Puis rendez vous sur le site des outils pour chercheurs de l'Institut Pasteur : http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::pars.

Cette page est en anglais. Mais ne vous inquiétez pas : nous allons tout vous traduire !

598982Vous arrivez sur cette page.En rouge, la première étape. Collez-y la matrice que vous venez de copier (clic droit / Coller).Vous arrivez sur cette page.En rouge, la première étape. Collez-y la matrice que vous venez de copier (clic droit / Coller).Agrandir l'imagehttp://www.museum-lehavre.fr/sites/default/files/multimedia/etape_1.jpg

Puis appuyez simplement sur "run". Comme suit !

Les autres options servent aux chercheurs lorsqu'ils manipulent de grandes quantités de questions et d'animaux, ou pour aller plus loin dans leur étude. Ici, rien de tout cela !

Lorsque vous cliquez sur "Run", le site de l'Institut Pasteur va remplacer le copain mathématicien en effectuant les calculs qui vont la transformer en arbre. Il va regrouper ensemble les espèces qui partagent des "1" aux mêmes questions. Il vous posera auparavant deux petites questions de sécurité : votre adresse mail, afin de retrouver vos résultats si vous fermez cette page, et un code à entrer pour vérifier que vous êtes bien un être humain.

Quelques secondes (qui semblent parfois des heures !) passent. A Paris, un ordinateur est en ce moment même en train de calculer pour vous cette matrice...

Puis l'écran change. Il vous affiche maitenant quelque chose qui ressemble à ceci :

Voilà qui est fait : votre matrice s'est transformée en arbre ! Vous pouvez le voir en cliquant sur l'un des deux boutons orange, "Phylowidget" ou "Archaeopteryx" (des outils simples et rapide pour voir des arbres).

 

 

Mais à vous, maintenant, de jouer : réalisez toutes ces étapes et montrez-nous votre arbre !

A vous de jouer !

567841Votre mission, si vous l'acceptez...... Sera de réaliser toutes ces étapes pour trouver l'arbre que nous vous cachons !Votre mission, si vous...... Sera de réaliser toutes ces étapes pour trouver l'arbre que nous vous cachons !Agrandir l'imagehttp://www.museum-lehavre.fr/sites/default/files/multimedia/floublog.jpg

Texte : Marie Fisler

Les épisodes précédents :

Troisième série : À vous de classer !

Episode 1 : Matrices : la révolution dans la classification (9 octobre)

Episode 2 : Restez groupés ! (16 octobre)

Episode 3 : Les groupes, c'est extra (23 octobre)

Deuxième série : La classification du vivant

Épisode 1 : Des classifications antiques (17 juillet)

Épisode 2 : Au Moyen-Âge (24 juillet)

Épisode 3 : À la Renaissance (31 juillet)

Épisode 4 : Linné (7 aout)

Épisode 5 : Buffon (14 aout)

Épisode 6 : Des arbres...mais pas d'évolution (21 aout)

Épisode 7 : Lamarck (28 aout)

Épisode 8 : Tout sur Darwin ! (4 septembre)

Épisode 9 : Perdus après Darwin (11 septembre)

Épisode 10 : La génétique (18 septembre)

Épisode 11 : Le gradisme (25 septembre)

Épisode 12 : Des maths, des ordinateurs et des crocodiles (2 octobre)

Première série : la sélection naturelle

Épisode 1 : Des yeux et des pigeons (19 juin)

Épisode 2 : Des chats au pôle nord (26 juin)

Épisode 3 : Des textos et des zombies (10 juillet).

sciences de la vie - classification

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